مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه، به‌عنوان ستاد مرکزی اداره حوزه‌های علمیه کشور، مأموریت سیاست‌گذاری اجرایی، برنامه‌ریزی و نظارت بر حوزه‌های علمیه را برعهده دارد. مدیر این مرکز توسط اعضای شورای عالی، انتخاب و حکم وی توسط دبیر شورای عالی حوزه‌های علمیه صادر می‌گردد. از مهرماه 1371 با مستقل شدن مرکز مدیریت تا کنون به ترتیب حضرات آیات آقایان مؤمن، استادی، حسینی‌بوشهری، مقتدائی، حسینی بوشهری و اعرافی از ناحیه آن شورا به سمت مدیرحوزه‌های علمیه منصوب شده‌اند و در حال حاضر نیز مرکز مدیریت حوزه‌های علمی با مدیریت حضرت آیت‌الله علیرضا اعرافی اداره می‌گردد.
مرکز رسانه و فضای مجازی حوزه های علمیه یک مرکز رسانه ای که رسالت آن باز نشر ابعاد مختلف فعالیت ها در حوزه و بازنشر فعالیت های حوزوی با رویکرد رسانه ای و ایجاد گفتمانی نو در حوزه رسانه
