مرکز مدیریت حوزه‌های علیمه خواهران تحت اشراف و نظارت شورای سیاست‌گذاری حوزه‌های علمیه خواهران، با راهبرد اصلی گسترش و فراگیر نمودن آموزش علوم اسلامی و حوزوی برای خواهران در سال 1375 تاسیس گردید. هم‌اکنون 500 مدرسه در شهرهای مختلف ایران میزبان 59 هزار طلبه خواهر در 17 رشته علمی بوده و 60 هزار فارغالتحصیل نیز به جامعه علمی و فرهنگی تقدیم نموده است.
نظام آموزشی حوزه‌های علمیه خواهران در سه مقطع تحصیلی طراحی شده است: مقطع اول: سطح دو (كارشناسی)؛ مقطع دوم: سطح سه (كارشناسی ارشد)؛ مقطع سوم: سطح چهار (دكتری).
آموزش غیرحضوری: پس از راه‌اندازی تحصیلات حضوری خواهران در مقطع سطح دو، جهت تسهیل امر تحصیل، در سال 1387 تحصیلات نیمه‌حضوری خواهران و در سالهای 89-88 تحصیلات غیرحضوری مقطع سطح سه گرایش فقه و اصول و تفسیر و علوم قرآنی و در سال 1390 گرایش تاریخ نیز اجرایی شد که در حال حاضر تعداد 6960 طلبه در سطح 2 و 3 به صورت غیرحضوری مشغول به تحصیل می‌باشند.
مرکز رسانه و فضای مجازی حوزه های علمیه یک مرکز رسانه ای که رسالت آن باز نشر ابعاد مختلف فعالیت ها در حوزه و بازنشر فعالیت های حوزوی با رویکرد رسانه ای و ایجاد گفتمانی نو در حوزه رسانه
