این مرکز در سال 1371 با هدف فراهم نمودن زمينة آشنايي و ارتباط صحيح و منطقي حوزه‌هاي شيعي با ساير مذاهب اسلامي، تربيت كارشناسان مسائل مذاهب اسلامي، پژوهش در حوزه مسائل فكري و فرهنگي مذاهب اسلامي تاسیس گردید. این مرکز دارای رشته مذاهب اسلامی در مقطع سطح 3 میباشد. همچنین هشت گروه آموزشی- پژوهشی شامل گروه بهائیت، تاریخ ، رجال و حدیث، شبهه‌شناسی، صوفیه، فرق و مذاهب و وهابیت‌شناسی در این مرکز فعال می‌باشند.
مرکز رسانه و فضای مجازی حوزه های علمیه یک مرکز رسانه ای که رسالت آن باز نشر ابعاد مختلف فعالیت ها در حوزه و بازنشر فعالیت های حوزوی با رویکرد رسانه ای و ایجاد گفتمانی نو در حوزه رسانه
